Åpningen av Kvernberget i 1970 markerte slutten på en lang kamp for å få flyplass i Kristiansund. Historien begynner egentlig i midten 1930-årene med de første sjøflyrutene langs kysten. Den gangen sto Det Norske Luftfartsselskap (DNL) som ansvarlig for stamrutene, mens Widerøe’s Flyveselskap deltok i lokaltrafikk.

Sommeren 1935 opprettet DNL en prøverute med sjøfly fra Bergen til Tromsø med mellomlandinger blant annet i Ålesund, Molde, Kristiansund og Trondheim. Ruten ble fløyet med et lite enmotors sjøfly som het ”Ternen” tre ganger i uken sommerstid, og fraktet i første rekke post. I Kristiansund var det landingsplass med ekspedisjon i havna. Det gikk båt fra agentens kontor og ut til flyet med post og passasjerer. En flyreise mellom Bergen og Tromsø kostet for øvrig 200 kroner én vei den gangen. Kystruten ble fløyet de etterfølgende somre med Junkers 52 sjøfly.

Andre verdenskrig satte en foreløpig stopper for sivile flyruter i Norge, men etter krigen gjenopptok DNL sine ruter. Sommeren 1948 drev selskapet en sjøflyrute mellom Bergen, Ålesund, Kristiansund og Trondheim. Et annet selskap, Lufttransport A/S, startet samme år flyginger mellom Ålesund og Oslo med mellomlandinger i Molde og Kristiansund. Ruten ble fløyet tur-retur tre ganger i uken med et Grumman Widgeon amfibiefly. Lufttransport A/S hadde sin base på sjøflyhavnen som tyskerne hadde bygd på Sørneset i Ålesund. Selskapet bygde hangar og hadde på det meste fire fly stasjonert der.

Lufttransport A/S ble oppløst allerede i 1949. Omtrent samtidig tok Vestlandske Luftfartselskap A/S over DNLs rute mellom Bergen og Trondheim, og drev flyging med mellomlanding blant annet i Ålesund, Kristiansund og etter hvert Molde. Det ble brukt amfibiefly med plass til fire passasjerer – senere sjøfly med plass til åtte passasjerer. Vestlandske drev faste sommerruter frem til og med sommeren 1957.

Sjøflyruter var bare mulig å drive i den lyse årstid og når været tillot det, så et fullverdig flytilbud kunne dette aldri bli. Etter andre verdenskrig intensiverte myndighetene planleggingen av et nasjonalt stamrutenett basert på landfly. På Vestlandet fantes det allerede landflyplass på Sola (bygd i 1937) og nord for Kristiansund var det en militær flyplass på Værnes. I 1955 åpnet Flesland lufthavn utenfor Bergen. En sammenhengende kjede av landbaserte stamflyplasser langs kysten tok til å ta form.

Ålesund ønsket å være med, og kommunen bygde på eget initiativ flyplass på Vigra i 1958. I statsbudsjettet for samme år ble støtten til sjøflyruter på Vestlandet tatt bort. Mens Ålesund var sikret helårig flyforbindelse, fremsto den nordligste delen av Møre og Romsdal, inkludert Kristiansund og Molde, som en kommunikasjonsmessig bakevje. Det var selvsagt mulig å kjøre fra Kristiansund til Vigra eller Værnes med bil eller buss, men veiforbindelsene var dårlige, og det var med mange ferger underveis. En bilreise fra Kristiansund til Vigra tok lett fem timer.

Både i Kristiansund og Molde var det ønsker om egne flyplasser. I 1959 satte Kristiansund kommune ned en flyplasskomité med William Dall som formann. Samme år kjøpte kommunen 537 mål ved Kvernberget til flyplassformål. Kvernberget var første gang blitt lansert som flyplass i 1954, og da med en prislapp på 6,5 millioner kroner.

Parallelt med lokale initiativ fortsatte planleggingen sentralt. I 1962 ble det satt ned et statlig utvalg, Flyplassutvalget av 1962, til å utrede det framtidige stamrutenett i Norge. Som en del av sitt arbeid vurderte utvalget også mulige løsninger for det nordlige Møre og Romsdal. Et viktig spørsmål var om det skulle bygges lufthavner både i Kristiansund og Molde, eller om det skulle satses på én felles lufthavn lokalisert et sted mellom byene. Ulike alternativ ble vurdert. Det gjaldt den tyske flyplassen på Gossen fra andre verdenskrig, Hendamyrene på Averøya, Freistranda og Osmarka. Både i Kristiansund og Molde var det naturlig nok ønsker om lufthavn så nær egen by som mulig. I tilfelle det skulle bygges én felles flyplass, lå det an til strid om plasseringen. 

16. desember 1964 avga flyplassutvalget innstilling med forslag til bygging av ni nye stamflyplasser i Norge. Både Kristiansund og Molde lå inne, men Kristiansund ble gitt første prioritet. Molde var plassert i tredje prioritetsgruppe. Etter nye utredninger og vurderinger bestemte regjeringen i 1968 at Kvernberget skulle bygges ut.  Stortinget sluttet seg til dette 2. april samme år, og byggearbeidene kunne starte.

Kristiansund lufthavn, Kvernberget, ble bygd av Luftfartsverket i tett samarbeid med Kristiansund kommune. Den ble utformet som standard stamflyplass med rullebane på 1920 meter, 1760 mellom tersklene.

Et ekspedisjonsbygg på 700 kvadratmeter grunnflate inneholdt venterom, kontorer, kafé og sykerom. I tillegg kom driftsbygg på 600 kvadratmeter og tårn i seks etasjer. Ekspedisjonsbygget og driftsbygget var bygd opp av elementer, slik at de senere lett kunne utvides. Lufthavnen var utstyrt med moderne navigasjonsutstyr som gjorde det mulig å lande med skyhøyde ned til 300 fot. Lengden på de elektriske kablene som knyttet anleggene sammen, var 35 kilometer. Byggetiden for prosjektet var 19 måneder og prislappen 31 millioner kroner.

Braathens SAFE fikk konsesjon på ruter over Kvernberget, og 1. juli 1970, dagen etter åpningen, landet det første ordinære ruteflyet. Til å begynne med var det tre daglige ruter mellom Kristiansund og Oslo Fornebu, i tillegg til kystrute langs Vestlandet. Braathens brukte Fokker F28 jetfly og Fokker F27 propellfly. I 1971 inkluderte Widerøe’s Flyveselskap Kvernberget i sitt rutenett.

1971 skulle ellers bli et rekordår for trafikken over Kvernberget. Totalt 88.246 passasjerer kom til eller reiste fra lufthavnen, en rekord som sto seg til 1985 da passasjertallet var økt til 108.372.

I 1972 åpnet Årø ved Molde. Influensområdet til Kvernberget ble redusert, og passasjertallet falt markant. Nedgangen fortsatte i årene som fulgte, noe som også hadde sammenheng med den internasjonale oljekrisen som rammet all luftfart fra 1973.

En viktig begivenhet skjedde på Kvernberget da Braathens avdeling ble koblet opp til det internasjonale datanettverket for bestilling av flybilletter i midten av 70-årene. På et blunk var det mulig å få oversikt over flyruter, billettpriser og tilgjengelige seter verden over.

I slutten av 70-årene ble det blåst nytt liv i virksomheten på Kvernberget. Myndighetene utpekte Kristiansund som hovedbase for oljeleting langs kysten av Midt-Norge, og som en del av dette ble næringsparken Vestbase opprettet i 1979. Året etter godtok Stortinget prøveboring nord for 62. breddegrad, og Helikopterservice startet transporter mellom Kristiansund og boreriggene på Haltenbanken. Selskapet bygde egen base med hangarer og kontorer som ble åpnet 1. juli 1982. Den økende aktiviteten til havs bidro til sterk vekst i antall reisende over Kvernberget.

I 1985 åpnet Braathens nytt bygg på 200 kvadratmeter med oppholdsrom, garderober og fraktekspedisjon. 12. april 1989 sto et utvidet ekspedisjonsbygg til 27 millioner kroner ferdig. Med unntak av endret inngangsparti og nye sikkerhetssoner har ekspedisjonsbygget i hovedsak stått uforandret frem til i dag (2010).

Paradoksalt nok gikk passasjertallet over Kvernberget ned i 1989 da nybygget sto ferdig, og den gamle debatten om det var behov for én eller to flyplasser i Kristiansund og Molde blusset opp igjen med fete bokstaver i lokalavisene. Fra 1990 pekte pilene igjen oppover og debatten stilnet. Utviklingen i 1990-årene og 2000-årene. I 1996 var passasjertallet passert 237.000 og har de siste 5 årene ligget mellom 250.000 og 280.000.  Avinor forventer fortsatt vekst i antall reisende over Kvernberget i årene som kommer.

Historisk sett har en stadig større andel av de reisende over Kvernberget har vært knyttet til olje. I 1992 ble en egen helikopterterminal på 1400 kvadratmeter grunnflate tatt i bruk. Allerede første år reiste 32.000 passasjerer gjennom terminalen. I 1997 utgjorde oljerelatert reise samlet 26 prosent av all trafikk over Kvernberget. Ti år senere var denne andelen økt til 46 prosent.

Gjennom historien har ulike flyselskap operert ruter på Kvernberget. I tillegg til Braathens og Widerøe har Busy Bee og Norwegian air Shuttle, det senere Norwegian, vært inne i perioder. I dag er det SAS og Widerøe som opererer rutene. Kvernberget har hatt charterflyginger fra 1972, regelmessig fra 1982. Storbritannia har gjennom årene vært et viktig utenlands reisemål.

Det første Syden-flyet fra Kvernberget lettet i 1988 med kurs for Mallorca. Lufthavnen fikk tax free-handel i 2007.

Avinor har utarbeidet lufthavnplan som beskriver den fremtidige utbyggingen av Kvernberget. Som følge av nye sikkerhetskrav skal sikkerhetssonene i hver ende av rullebanen utvides.

Dette arbeidet er i gang i 2010 og skal være ferdig innen første halvår 2013. I tillegg skal det bygges en helt ny og større terminal som er felles for fly og helikopter. Den nye terminalen skal ligge lengre bort fra rullebanen mot nord enn hva tilfellet er i dag. Eksisterende terminaler og driftsbygg skal fjernes. På sikt er det også planer om nye hangarer, flere oppstillingsplasser for fly og helikopter samt anlegging av en ekstra taksebane.

Avinors plan innebærer en samlet investering på Kvernberget frem til 2020 på nesten en halv milliard kroner.